Bitirme projesinin amacı, öğrencinin akademik derslerde kazandığı bilgi ve yetenekleri uzun soluklu bir araştırma projesinde uygulayabilmesi, bilimsel araştırma, rapor hazırlama ve hem disiplin içi hem de çok disiplinli takım çalışması deneyimi kazanmasıdır.
Bitirme Projesi, güz dönemi başlayıp bahar döneminde devam eden iki dersten oluşur. Güz döneminde açılan BME4991 Bitirme Projesi-I dersinde öğrencilere akademik proje yönetimine yönelik teorik bilgiler verilir, proje grupları oluşturulur ve gruplar danışmanlarıyla çalışmaya başlar. Prensip olarak en az iki farklı bölümün beraber çalışacağı konular danışmanlar tarafından belirlenir ve gruplar da bu bölümlerin öğrencilerinden oluşur (Örnek: Biyomedikal Mühendisliği ve Yazılım Mühendisliği bölümü öğrencileri fizyolojik sinyalleri analiz eden bir yazılım geliştirme projesinde, iki bölümden danışmanlarıyla beraber çalışabilir). Dönem sonuna kadar gruplardan araştırma konularını kavramak, akademik yazın taraması yapmak ve proje yönetimi araçlarıyla bir çalışma planı çıkarmak gibi BME4992 Bitirme Projesi-II dersine yönelik ön çalışmalar yapmaları beklenir.
Bahar dönemindeki BME4992 Bitirme Projesi–II dersine, sadece BME4991 Bitirme Projesi-I dersini başarıyla tamamlayan öğrenciler kaydolabilir. BME4992 Bitirme Projesi-II dersini alan öğrenciler veri toplama, model oluşturma, sinyal analizi gibi aşamalarla araştırmaya devam eder ve dönem sonunda danışmanlarına final raporlarını sunarak dersi tamamlar.