Bahçeşehir Üniversitesi'nin Mekatronik Mühendisliği Yüksek Lisans programı, öğrencilerini uluslararası düzeyde yetkin bir şekilde mesleklerini icra edebilecek modern becerilerle donatmayı amaçlamaktadır. Programımız aracılığıyla robotik, üretim, otomasyon, enerji, otomotiv ve elektronik gibi mekatronik uygulamalarında uzmanlaşma mümkündür. Araştırma ilgi alanlarımız arasında Robotik, Aerodinamik, Hava ve Kara Araçlarının Dinamikleri ve Kontrolü, Gürültü ve Titreşimin Ölçümü ve Kontrolü ile Bilgisayar Destekli Mühendislik bulunmaktadır. BAU Robotik Laboratuvarı'nda, Stanford Üniversitesi ile işbirliği içinde kurulan bu yeni laboratuvarda, insansı robotlar üzerine araştırmalar yapılmaktadır. Türkçe Tezsiz program ise zorunlu dersler dahil en az 30 kredi olmak üzere 10 ders ve bir mezuniyet proje dersini içermektedir. Ulusal ve yabancı üniversitelerden dört yıllık mühendislik ve fen programlarından mezun olanlar, doğrudan veya "Bilimsel Hazırlık" programının tamamlanmasının ardından M.S. programlarımıza kabul edilebilirler.