Mühendislik Yönetimi Yüksek Lisans programında, öğrencileri kendi kariyer planlarına uygun karma bir program seçebilecekleri gibi günümüzün şartlarına göre tanımlanmış alt uzmanlık modüllerinden herhangi birini de seçebilir. Seçmeli derslerin farklı gruplandırılması ile üç ayrı alanda uzmanlaşma sağlanabilir. Seçilebilecek uzmanlık alanları: Karar Verme, Proje ve Risk Yönetimi, Kalite Yönetimidir. Yüksek Lisans derecesi ile birlikte ISO 9000, ISO TS 16949, ISO 22000 gibi kalite ve sektörel standartların sertifikasına da sahip olmak mümkündür. Mühendislik Yönetimi öğrencileri seçmek istedikleri uzmanlık alanına bağlı olarak, koordinatörlerinin önerisi çizgisinde, kısıtlı ders havuzundan en az dört ders seçmek zorundadır. Proje dersi herkese zorunludur. Öğrenciler kalan kredilerini kısıtlı seçmeli, teknik seçmeli ya da serbest seçmeli ders havuzlarındaki derslerden tamamlayabilir. Her öğrenci program dersleri dışında başka programlardan en fazla iki ders alabilir. Bu dersler Bilgi Teknolojileri, Bilgisayar veya Endüstri Mühendisliği programlarından veya sosyal bilimler enstitüsü bünyesindeki işletme programlarından, ilgili program koordinatörlerinin de onayı ile alınabilir.